窖泥功能菌中霉菌含量有很多，包括能夠使淀粉轉化為糖并生成酒的糖化酶、液化酶，窖池窖泥產香物質菌種己酸菌、甲烷菌、復合功能菌株等，整個生產過程在一個復雜的酶系中進行，才能生產出品質優良的白酒。濃香型白酒功能菌主要含有己酸菌、黑曲霉、產酯酵母和酯化紅曲，還含有少量米曲霉和干酵母，應用在濃香型白酒窖泥培養或發酵過程中。主要作用是增加己酸乙酯含量，提高濃香型大曲酒的質量，養護窖泥。清香型白酒功能菌含有根霉、黑曲霉、厭氧型產酯酵母和酯化紅曲，少量干酵母，應用在清香型大曲白酒和小曲白酒發酵過程中。主要作用是增加乙酸乙酯含量，提高清香型白酒質量。醬香型白酒功能菌主要含有米曲霉、黑曲霉、產酯酵母和酯化紅曲，少量根霉和干酵母，應用在醬香型白酒發酵過程中。主要作用是增加醬香成分。